El día 11 de mayo de 1974, a la salida de una misa celebrada en la Parroquia San Francisco Solano, en el barrio porteño de Villa Luro, encontró la muerte el padre Carlos Mugica. La misma se produjo en manos del grupo parapolicial Triple A (Alianza Anticomunista Argentina), liderado por José Lopez Rega, quien fue Ministro de Bienestar Social del Gobierno de Juan Domingo Peron.
Ya conocido principalmente por su fervor y opción parroquial en favor de la causa de les pobres, había recibido varias amenazas de muerte debido a ello. Pregonó de manera incansable la lucha política llamando a las diversas fuerzas vigentes en esos tiempos (Montoneros, principalmente) a librarse de las armas.
Realizó una labor social
Desde fines de los 60, con su vinculación en el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, y acciones sociales tales como el reclamo de terrenos linderos al Ferrocarril San Martin (hoy Barrio 31 padre Mugica) y ciertos aportes reclamados para los más necesitados tanto desde lo sacerdotal como en su posición Ad Honorem en el Ministerio de Desarrollo social solo agigantaron su imagen de “cura villero”.
Sus restos descansan, desde 1999, en la Parroquia Cristo Obrero en la Villa 31 . Justamente desde allí, y para todas partes del país, reivindicó y luchó por la igualdad de condiciones y llevando la causa de los pobres hasta su fallecimiento.
Hoy ese barrio de emergencia lleva su nombre, como un homenaje latente a quien fuera la bandera de los “villeros”.